Ο Marquez που έκανε χρόνο 1’59.791s κάνοντας καινούργιο ρεκόρ πίστας εξασφάλισε την pole μπροστά από τον ομόσταυλό του Pedrosa, ο οποίος ήταν 0.182s πιο αργός. Η πρώτη σειρά ολοκληρώθηκε από τον Lorenzo, ο οποίος έκανε 2’00.203s καλύτερο γύρο.
Ο Marquez είναι ο πρώτος αναβάτης που κατέβηκε από 2’00 λεπτά στο Σαββατοκύριακο του αγώνα στην Sepang. Αυτό σηματοδοτεί επίσης την 50η pole της καριέρας του και 13η του στην σεζόν, θέτοντας ένα νέο ρεκόρ.
Ο Stefan Bradl και Andrea Dovizioso ξεκινούν στην δεύτερη σειρά της εκκίνησης, με ένα δευτερόλεπτο διαφορα από τον Marquez.
Ο Valentino Rossi , ο Aleix Espargaro, ο Cal Crutchlow, ο Bradley Smith και ο Alvaro Bautista ολοκλήρωσαν την πρώτη δεκάδα.
Ο Pol Espargaro ήταν 12ο έχοντας προχωρήσει στο Q2, αλλά μια πτώση ειχε ως αποτέλεσμα να σπάσει ένα κόκαλο στο αριστερό του πόδι. Την νεοτέρα της κατάσταση του αν θα αγωνιστεί θα το μάθουμε την Κυριακή το πρωί.
Ο Hiroshi Aoyama έπεσε νωρίς στα Q2 έχοντας προχωρήσει από το Q1. Ο Ιάπωνας αναβάτης εξακολουθεί να είναι 11ος λόγω ότι ο Pol Espargaro δεν συμμετέχει.
Ο Andrea Iannone κρίθηκε ανίκανος να συμμετάσχει περαιτέρω στο Grand Prix νωρίτερα την ίδια ημέρα, λόγω του αριστερού τραυματισμένου χεριού του μετά την συντριβή του την Παρασκευή .