Μετά από μια αργή εκκίνηση στο FP3 στο San Marino λόγω της έντονης ολονύκτιας βροχής, που άφησε στην πίστα του Misano πολλά υγρά μπαλώματα, ο Johann Zarco (Monster Yamaha Tech 3) με χρόνο 1:32.788 έκανε τον ταχύτερο γύρο του FP3 και την 9η θέση συνολικά.
Καθώς οι συνθήκες βελτιώθηκαν, στην δεύτερη θέση του FP3 ανέβηκε ο Jack Miller (Alma Pramac Racing) βελτιώνοντας επίσης την θέση του συνολικά μπαίνοντας στην 10αδα που πέρασε απευθείας στο Q2, αφήνοντας εκτός της 10αδας τον Andrea Iannone (Team Suzuki Ecstar) και τον Franco Morbidelli (EG 0,0 Marc VDS), όπου θα περάσουν από το Q1.
Τρίτος στην συνεδρία ήταν ο Andrea Dovizioso (ομάδα Ducati), μπροστά από τον Marc Marquez (Repsol Honda) και τον Cal Crutchlow (LCR Honda Castrol).
Ο Tom Luthi (EG 0,0 Marc VDS) και ο Μπράντλεϊ Σμιθ (Red Bull KTM Factory Racing) είχαν πτώσεις χωρίς τραυματισμό!